Die Qualität der automatischen Ausrichtung hängt stark von den Eingabedaten ab, hauptsächlich vom Layout: Ungewöhnliche Layout-Merkmale können den Ausrichtungsalgorithmus so stark beeinträchtigen, dass kein zufriedenstellendes Ergebnis erzielt werden kann und eine manuelle Ausrichtung der Dokumente die einzige Option ist.