Kvalita automatického zarovnání do značné míry závisí na vstupních datech, především na formátu:
-
dokumenty obsahující pouze text v jednom sloupci poskytují nejlepší výsledek.
-
dokumenty se složitým designem, jako jsou reklamy, propagační letáky nebo plakáty, mohou produkovat špatný výsledek.
Neobvyklé formáty rozložení textu mohou narušit algoritmus zarovnání natolik, že nelze dosáhnout uspokojivého výsledku a jedinou možností je ruční zarovnání dokumentů.